Borelioza przebiega najczęściej w trzech stadiach:
STADIUM PIERWSZE BORELIOZY
Pierwsze stadium boreliozy może przebiegać bezobjawowo lub charakteryzować się pojawieniem zmian skórnych o charakterze rumienia wędrującego. Jest to najbardziej charakterystyczny objaw boreliozy, ale występujący jedynie u 1/3 osób zainfekowanych bakterią Borrelii. Rumień wędrujący pojawia się w miejscu ukąszenia przez kleszcza zazwyczaj po okresie 1–3 tygodni. Występuje zazwyczaj na kończynach dolnych lub tułowiu, ale również na głowie lub szyi. Rumień ten nie jest bolesny, ale charakteryzuje się nadmiernym odczuciem ciepła. Może towarzyszyć mu gorączka, ból mięśni, głowy, szyi, zmęczenie lub nudności. Czasami pojawiają się wykwity wtórne, z reguły mniejsze, występujące w każdej okolicy ciała z wyjątkiem błon śluzowych, dłoni i stóp. Są one wynikiem krwiopochodnego rozsiewu krętków do narządów, dlatego u dzieci z mnogimi wykwitami rumienia wędrującego ryzyko wystąpienia wielonarządowych powikłań jest większe. Zwykle rumień nie leczony blednie w ciągu kilku tygodni. Po stwierdzeniu wyżej wymienionych zmian należy udać się do lekarza z informacją o ukąszeniu przez kleszcze, w celu rozpoczęcia odpowiedniego leczenia.
STADIUM DRUGIE BORELIOZY
Występujące po upływie kilku miesięcy od zakażenia bakterią Borrelii. Stadium to przebiega z dominującymi objawami ze strony kostno-stawowego, układu nerwowego i układu krążenia. Najczęściej występujące objawy to przewlekłe osłabienie i męczliwość.
We wszystkich postaciach klinicznych boreliozy drugiego stadium bardzo często występują wędrujące bóle mięśniowo-stawowe, a także spadek sił u chorych. Bóle mają charakter napadowy, ustępują po upływie kilku godzin, ale mogą się powtarzać. Najczęściej zajęte są duże stawy, głównie kolanowy, ale również łokciowy, ramienny, skroniowo-żuchwowy oraz stawy ręki i stopy. Zmiany zapalne stawów pojawiają się pokolei lub równocześnie w kilku stawach. Na skórze w tym okresie mogą występować wtórne zmiany obrączkowate, często liczne, ale nie mające tendencji do rozprzestrzeniania się oraz mające znacznie mniejszą komponentę zapalną.
Wśród neurologicznych objawów boreliozy istnieją różnice pomiędzy dorosłymi i dziećmi. U dorosłych dominuje wieloogniskowe zapalenie pojedynczych nerwów, zapalenie korzeni nerwowych, niedowłady nerwów obwodowych, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu. U dzieci występują najczęściej jednostronne niedowłady nerwu twarzowego lub zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych. Obserwuje się także objawy rzekomego guza mózgu, przeczulicę skóry lub ostrą ataksję. Objawy neurologiczne drugiego stadium mogą trwać kilka tygodni i często pojawiają się wznowienia.
Głównym objawem ze strony układu krążenia jest zapalenie mięśnia sercowego, z towarzyszącymi zaburzeniami rytmu.
STADIUM TRZECIE BORELIOZY
Występuje po wielu miesiącach lub latach od momentu zakażenia bakterią Borrelii i może ujawniać się jako postać stawowa, neuroinfekcyjna lub skórna.
Zmiana skórna w trzecim stadiu boreliozy ma formę niebieskawoczerwonego przebarwienia z obrzękiem naciekowym. Zmiana pojawia się w miejscu, w którym poprzednio znajdował się rumień wędrujący. Zdarza się jednak również u osób, u których rumień nigdy nie występował. Stadium to może trwać wiele lat, prowadząc w efekcie do stopniowego zaniku skóry.